La hidrocefalia es la más frecuente, y puede ser interna o externa; por la presión produce falta de desarrollo de la corteza cerebral, llegando a veces a la ausencia de los hemisferios cerebrales, en cuyo caso se denomina hidranencefalia. La hidrocefalia puede ser tan grave que produce deformaciones del cráneo. La hipoplasia de cerebelo producida por el virus BVD está ampliamente descrita, y es fácil de diagnosticar en el neonato por la ataxia tan evidente que presentan. Como ya hemos comentado, se suele presentar asociada a otras malformaciones. El meningocele o meningoencefalocele consiste en la protrusión de las meninges e incluso parte de la corteza cerebral a través de un defecto del cráneo
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